Когда 24 февраля 1918 года была провозглашена независимая Эстонская Республика, то церковь в ней сразу же была отделена от государства и все религиозные общества и общины уравнены в правах перед законом. Параграф 11 Конституции Эстонии обеспечивал всем гражданам свободу веры и беспрепятственное выполнение религиозных обрядов. Старообрядцы получили статус граждан страны и национального меньшинства.

В 1920–1930-х годах число старообрядцев в Эстонии доходило до 10 тысяч человек. К 1924 году было официально зарегистрировано 6 староверческих общин, к 1926 году – 11, и в 1936 году добавилась еще одна. Из двенадцати общин десять относились к поморскому согласию – в Таллинне, Тарту, Муствеэ (Черном посаде), Кикита, Калласте (Красных Горах), Больших Кольках, Казепяэ, Варнья, Саарекюла (Желачке), Пийрикюла (Меже), а две общины относились к федосеевскому согласию – в Рая и Малых Кольках.

На III Съезде старообрядческих общин в 1924 году был поставлен вопрос об объединении староверов под эгидой Старообрядческого союза Эстонии с единым центром управления. На IV съезде в феврале 1928 года был разработан проект Устава и основы организационного устройства Союза. Идея собрать все общины в единую Старообрядческую Церковь Эстонии нашла свое воплощение на V Съезде старообрядцев, который проходил в Калласте 17–19 июля 1928 года и был посвящен правовым проблемам жизни староверов Эстонии, утверждению духовных основ старообрядчества и организации службы в моленных. На съезд прибыли представители 11 старообрядческих общин, всего 34 лица с правом решающего голоса. Главным итогом съезда было принятие Устава Старообрядческой Церкви (Союза) в Эстонии, избрание Центрального совета и Духовной комиссии. В общих положениях Устава постулировалось, что «Старообрядческая Церковь в Эстонии есть Союз находящихся в пределах Эстонии старообрядческих общин (вероисповедных обществ), представляет собою самоуправляющуюся, с правами юридического лица организацию».

Высшим органом власти Старообрядческого союза был Съезд, который должен был созываться ежегодно. Уполномоченные от общин избирались на общем собрании по одному представителю от каждых 500 душ.

Между съездами жизнью общин ведал исполнительный орган – Центральный совет старообрядцев Эстонии, состоящий из 6 членов и избираемый на три года. Из своей среды Совет выбирал председателя, заместителя председателя, секретаря и казначея. Для решения вопросов, связанных с духовной жизнью старообрядцев, учреждалась Духовная комиссия. В нее входили 3 члена по выбору Центрального совета и 3 лица духовного звания по выбору Старообрядческого съезда. Председатель и секретарь Духовной комиссии избирались отдельно.

В круг деятельности Центрального совета старообрядцев Эстонии входило управление делопроизводством Союза, организация созывов съезда, разработка программы очередных съездов, попечение о церковном благоустройстве и хозяйственной жизни, представительство интересов старообрядцев в судебных инстанциях, составление годового отчета.

Духовная комиссия рассматривала вопросы, касающиеся духовной жизни старообрядцев (руководство проповедью веры Христовой, разъяснение канонических правил, борьба с неверием и сектантством, работа с наставниками, духовный суд и др.).

Хозяйственная деятельность Центрального совета старообрядцев и делопроизводство контролировались специально избранной Ревизионной комиссией. Она состояла из трех членов, избиралась на два года и имела право требовать от Совета на проверку всю документацию по руководству и имущественному положению Союза.

Имущество Союза состояло из добровольных пожертвований недвижимого и движимого имущества, денежных пособий от обществ, денег, собранных по подписке, и прочего.

Членами Старообрядческого союза Эстонии являлись все старообрядческие общины, признающие Устав и ходатайствующие о вступлении в Союз с указанием официального названия общины, имени наставника и перечнем членов общины. Вопрос о членстве в Союзе утверждался постановлением Центрального совета старообрядцев Эстонии.

В первый состав Центрального совета старообрядцев Эстонии открытым голосованием были избраны Е.Я. Гришаков, З.А. Кузнецов, П.П. Баранин, Ф.Ф. Пруссаков, И.А. Долгашев и Д.С. Блохин. В предвоенный период в состав Центрального совета входили Х.С. Березин, Л.Е. Гришаков, К.А. Малышев, Е. Кульков, П. Савосткин, А. Арташев, Г. Венчиков и В. Софронов.

Первоначально под эгидой Центрального совета объединились 11 общин. После принятия в 1934 году нового Устава (Eestimaa Vanausuliste Ьhinduse Pхhikiri) и перерегистрации Союза в 1936 году согласно законодательству о вероисповедных обществах, к Союзу присоединилась и федосеевская община деревни Малые Кольки. По новому Уставу членский взнос для вступающего в общину составлял 25 сентов, а суммарный взнос от общины определялся ежегодным Съездом. Руководящими органами оставались Съезд, Центральный совет, Ревизионная комиссия и правления общин. Духовные комиссии по новому Уставу не предусматривались.

Место работы Центрального совета определялось решением Съезда и находилось сначала в Тарту (1928–1936 годы), затем Таллинне (1936–1938 годы) и Муствеэ (1939–1940 годы). Председателями Центрального совета были Е.Я. Гришаков (1928–1936 годы), П.П. Баранин (1936–1938 годы), Х.С. Березин (1938 год), Л.Е. Гришаков (1939 –1940 годы).

Союз старообрядческих общин Эстонии был расформирован в 1940 году и вновь восстановлен в 1995 году. За это время число старообрядцев уменьшилось вдвое и на 1 января 2000 года составляло около 5 тысяч человек. В это время в общинах было всего три действующих наставника. До 1998 года председателем Союза старообрядческих общин Эстонии был Зосима Сампсонович Еткин, с конца 1998 года им стал Павел Григорьевич Варунин.

В 2004 году была произведена перерегистрация общин. В настоящее время Союз старообрядческих общин Эстонии объединяет десять общин. Из них девять общин относятся к поморскому согласию – в Тарту, Таллинне, Муствеэ, Кикита, Калласте, Больших Кольках, Казепяэ, Варнья, на острове Пийриссаар, и одна к федосеевскому – в Малых Кольках. Старообрядческая федосеевская община деревни Рая в Союз не входит.

Председателем Союза старообрядческих общин Эстонии остался П.Г. Варунин, членами правления избраны П.П.Варунин, И.Т.Гужов и З.И.Куткина. В Устав внесены изменения в соответствии с законом о церкви Эстонской Республики (2004 год).